Prva presuda u kojoj je Haški tribunal donio zaključke o umiješanosti Hrvatske u rat u Bosni i Hercegovini bila je u slučaju „Kupreškić i ostali“. U presudi za zločine u Lašvanskoj dolini, u januaru 2000. godine prvi put utvrđena je veza Hrvatske i stvaranja etnički čistih hrvatskih područja u BiH, piše Patria.

U presudi bivšem komandantu Operativne zone Srednja Bosna Tihomiru Blaškiću haške sudije utvrdile su prvi puta kako je oružani sukob u Srednjoj Bosni imao međunarodni karakter na temelju aktivnog učešća Hrvatske vojske u BiH, koji je zajedno s HVO-om bio angažovan u borbi protiv Armije RBiH te na temelju opće kontrole koju je Hrvatska imala nad HVO-om i tzv. Herceg Bosnom.

Tada je vijeće prvi put utvrdilo kao činjenicu teritorijalne aspiracije Hrvatske, a u presudi Blaškiću prvi puta pojavljuje se i ideja bivšeg hrvatskog predsjednika Franje Tuđmana o obnovi Banovine u granicama iz 1939., razgovori s bivšim jugoslovenskim predsjednikom Slobodanom Miloševićem o podjeli Bosne u Karađorđevu u martu 1991. te poznata „Ashdownova salveta“.

Svi ti elementi ponavljaju se i u presudama u predmetu „Kordić i Čerkez“ u kojoj se aspiracije prvi puta stavljaju u kontekst stvaranja velike Hrvatske, te u predmetu „Naletilić i Martinović“.

- Predsjednik Tuđman imao je aspiracije prema podjeli te susjedne zemlje, navodi vijeće u predmetu Blaškić u kojem je svjedočio britanski političar Paddy Ashdown, koji je opisao kako je 1995. Tuđman na jednoj večeri na poleđini jelovnika ugrubo nacrtao kartu bivše Jugoslavije koja je prikazivala situaciju za deset godina.

Tuđman je objasnio Ashdownu da će jedan dio Bosne pripasti Hrvatskoj, a drugi Srbiji. Vijeće je tada utvrdilo i da stavovi koje je predsjednik Tuđman iznosio nisu bili samo njegovi lični stavovi jer je Tuđman „do te mjere dominirao hrvatskom vladom da su njegovi lični stavovi u stvari bili službeni“.

- Vijeće zaključuje da je predsjednik Tuđman gajio teritorijalne pretenzije prema Bosni i Hercegovini, koje su bile dio njegovog sna o velikoj Hrvatskoj koja bi uključivala zapadnu Hercegovinu i Srednju Bosnu, zaključilo je vijeće u predmetu „Kordić i Čerkez“.

- Vijeće podsjeća na riječi samog predsjednika Tuđmana na sastanku održanom 22. oktobra 1993: Ja sam prije par mjeseci izložio situaciju, dao zadaću ministru odbrane Šušku i generalu Bobetku, naša pomoć i naše angažiranje u Herceg Bosni, jer se tamo rješava - rekao sam im da se tamo rješava pitanje budućih granica hrvatske države, citiralo je vijeće u predmetu „Naletilić i Martinović“ transkripte iz Ureda predsjednika.

Kao dokaz umiješanosti Hrvatske, Haški tribunal je u tri presude koristio i činjenicu da je general Janko Bobetko imenovan komandantom južnog ratišta i da su njegove dužnosti obuhvatale komandovanje jedinicama HV-a i HVO-a u Hrvatskoj i u BiH, te da su visoki vojni i civilni dužnosnici Republike Hrvatske generali Milivoj Petković i Slobodan Praljak imenovani načelnicima Glavnog stožera HVO-a.

U izvještajima Vijeća sigurnosti UN-a stoji da je 3.000 do 5.000 pripadnika Hrvatske vojske bilo BiH. Na istim dokazima haške sudije su i u predmetima „Kordić i Čerkez“ i „Naletilić i Martinović“ utvrdili da je Hrvatska svojim snagama bila direktno umiješana u rat u BiH. Teze o umiješanosti vodstva Republike Hrvatske i Hrvatske vojske u rat u BiH potvrđene su i presudom protiv Ivice Rajića 8. maja 2006. godine.