23.10.1993. godine pripadnici specijalne jedinice Hrvatskog vijeća odbrane u Stupnom Dolu kod Vareša ubili su 38 Bošnjaka od čega 17 žena, 5 djece, kao i veći broj staraca. 11 osoba je živo zapaljeno. Najmlađa ubijena je žrtva imala je dvije, a najstarija 74 godine. Spaljeno je 58 kuća i mjesna džamija. Selo je potpuno uništeno. Zločinci su pokušali da prikriju zločin, ali su jedinice Ujedinjenih nacija ušle u selo i svjedočile užasu koji su pripadnici Hrvatskog vijeća odbrane ostavili iza sebe. U samom gradu Varešu su otvoreni logori u koje su odvođeni muškarci bošnjačke nacionalnosti, gdje su bili izvrgnuti torturi i premlaćivanju od kojeg pojedinci i danas imaju trajne posljedice. Silovanje i pljačka su bili sastavni dio ovog udruženog zločinačkog poduhvata. Ni građevine od vitalnog interesa za općinu Vareš nisu ostale pošteđene.

Za ovaj zločin procesuirani su Ivica Rajić, Dominik Ilijašević Como i Miroslav Anić, kao i šestorica političkih i vojnih vođa samoproglašene Herceg-Bosne. Haški tribunal osudio je 2006. zapovjednika Hrvatskog vijeća odbrane Ivicu Rajića na 12 godina zatvora zbog zločina i kršenja Ženevskih konvencija u Stupnom Dolu. On je, naime, priznao krivnju za sudjelovanje u napadu na Stupni Dol. Među dokumentima koji su teretili Rajića bila je i naredba njegovog nadređenog, Slobodana Praljka: "Sredite situaciju u Varešu i okolini bez milosti prema bilo kome". Stupni Dol je bio dio provođenja te naredbe. Praljak je, zajedno sa najvišim političkim i vojnim liderima takozvane Herceg-Bosne, Jadrankom Prlićem, Brunom Stojićem, Valentinom Ćorićem, Berislavom Pušićem i Milivojem Petkovićem prvostepeno optužen za progone Bošnjaka, ubojstva, okrutne postupke, pljačku i uništavanja bošnjačkih sela u okviru udruženog zločinačkog poduhvata. Haški tribunal je presudio da ovi zločini spadaju u zločine protiv čovječnosti u mnogobrojnim presudama protiv hrvatskih političkih, vojnih zapovjednika i vojnika.

Institut za istraživanje genocida, Kanada još jednom podjeća da ratni zločin ne zastarijeva. Udruženi zločinački poduhvat kolektivnog uništenja Bošnjaka Stupnog Dola prema rezultatima nauke o genocidu je genocid. Bošnjaci Lašvanske doline su bili predmet progona na političkoj, rasnoj i vjerskoj osnovi, predmet namjerne diskriminacije u kontekstu široko rasprostranjenog napada na civile u toj regiji, masovnih ubistava, silovanja, zatvaranja u logore, kao i uništavanja privatne imovine i kulturno-vjerskih objekata. Kolektivno uništiti živote je zločin nad zločinima i nešto što je rezultat udruženog plana, nastojanja i akcije. Takvi zločini se moraju kazniti kroz internacionalne i nacionalne sudske institucije. 25 godina poslije zločina u Stupnom Dolu vidimo da su svježe rane, da nije još učinjeno ono što smo bili dužni da učinimo. Nisu kažnjeni svi oni koji su planirali zločin i oni koji su ga izvršili. Prema podacima Instituta za istraživanje genocida, Kanada, 2.000 Bošnjaka iz Lašvanske doline i susjednih mijesta bilo je ubijeno ili nestalo tokom perioda agresije na Republiku Bosnu i Hercegovinu. Istraživači genocida i aktivisti za ljudska prav i slobde, članovi Interancionalnog ekspertnog tima Instituta za istraživanje genocida, Kanada ne traže osvetu, već samo istinu o zločinu i pravdu za žrtve zločina. Niko nema pravo da zaboravi ovaj zločin jer zaborav zločina rađa novi zločin, piše u saopćenju Institut za istraživanje genocida, Kanada.